Natrio hipochlorito dezinfekavimo principas daugiausia apima tris aspektus:
Hipochloro rūgštis susidaro hidrolizės metu, o hipochloro rūgštis toliau skaidosi, sudarydama naują ekologišką deguonį. Naujo ekologiško deguonies stipriai oksiduojanti savybė denatūruoja tokias medžiagas kaip baltymai ant bakterijų ir virusų ir taip naikina patogeninius mikroorganizmus.
Hipochloro rūgštis gali prasiskverbti į bakterijas (virusus) ir reaguoti su organiniais polimerais, tokiais kaip bakterijų (virusų) baltymai, nukleino rūgštys ir fermentai, taip naikindama patogeninius mikroorganizmus.
Hipochloro rūgšties gaminami chlorido jonai gali žymiai pakeisti bakterijų ir virusų osmosinį slėgį, todėl jų ląstelės praranda aktyvumą ir miršta.