Baseino vandens dezinfekcijos metodai apima tradicinę chloro dezinfekciją, ozono dezinfekciją, vario ir sidabro jonų dezinfekciją.
1. Tradicinė chloro dezinfekcija
Išskirtiniai skysto chloro dezinfekcijos privalumai yra nuolatinė likutinio chloro dezinfekcija, maža kaina, paprastas valdymas ir nereikalaujantis didžiulės įrangos. Tačiau pats chloras yra nuodingas, todėl jį naudojant reikia atkreipti dėmesį į saugumą, kad būtų išvengta nuotėkio. Vanduo dažnai gamina įvairias kenksmingas medžiagas po dezinfekcijos chloru, ypač dezinfekuojant produktus, turinčius „trys-viename“ poveikį, pvz., chloroformą ir chloracto rūgštį. Be to, skystas chloras negali veiksmingai sunaikinti Cryptosporidium ir jo cistų. Todėl chloro dezinfekcija pamažu keičiama kitais dezinfekcijos būdais.
2. Ozono dezinfekcija
Skirstoma į dalinio srauto ozono dozavimo sistemą ir viso srauto ozono dozavimo sistemą
2.1 Padalinto srauto ozono dozavimo sistema
Padalintas ozono dezinfekcijos srautas turi sudaryti 25% cirkuliuojančio vandens srauto. Naujai pastatytuose baseinuose ir vandens pramogų baseinuose su bendra gyventojų apkrova ir santykinai stabiliu personalu galima naudoti padalinto srauto ozono dezinfekcijos sistemą, o kai prie esamo baseino pridedama dezinfekcijos ozonu sistema, galima naudoti padalinto srauto ozono dezinfekcijos sistemą.
2.2 Viso srauto ozono dozavimo sistema
Pasaulinio- ir nacionalinio- lygio varžybų baseinai ir baseinai bei vandens pramogų baseinai, kuriems keliami aukšti vandens sanitarijos reikalavimai ir didelis žmonių skaičius, turėtų naudoti viso srauto ozono dezinfekcijos sistemą, kurioje cirkuliuojančio vandens filtravimas ir likutinio ozono adsorbcija ir filtravimas dezinfekcijai nustatomi atskirai; Plaukimo baseinuose ir vandens pramogų baseinuose, kuriems taikoma didelė apkrova ir aukšti baseino vandens sanitarijos reikalavimai, patartina naudoti viso srauto ozono dezinfekcijos sistemą, kuri apjungia cirkuliacinį vandens filtravimą ir likutinį ozono adsorbcijos filtravimą, kad būtų galima dezinfekuoti visą cirkuliuojantį vandenį.
3. Dezinfekcija vario ir sidabro jonais
Šiuo metu vario ir sidabro jonų technologija plačiai naudojama išsivysčiusiose šalyse, tokiose kaip JAV ir Jungtinė Karalystė. Dezinfekcija vario ir sidabro jonais tapo brandžia technologija. Kombinuotas dezinfekavimo priemonių naudojimas turi geriausią efektą, ypač tiriant geriamąjį vandenį, o koncentracija yra mažesnė už geriamojo standartą, kad būtų gauti geri rezultatai, todėl ši technologija buvo naudojama geriamojo vandens ir cirkuliacinio aušinimo vandens projektuose. Sunkus naudojimas. Vario ir sidabro jonų dezinfekcija turi šiuos privalumus: nėra toksiškų šalutinių produktų, antrinės taršos; bespalvis, bekvapis, stiprus cheminis stabilumas; neveikia temperatūros, ilgą laiką gali išlaikyti sterilizavimo efektą; nereikia specialaus valdymo, priežiūros-nereikia.