Be kenksmingų medžiagų, nuotekose yra begalė bakterijų ir virusų. Todėl chloro dezinfekcija plačiai naudojama naikinant vandenyje esančias bakterijas ir virusus vandentiekio vandens ir nuotekų valymo įrenginių nuotekų stadijoje.
Apdorojant pramoninį cirkuliacinį aušinimo vandenį, chloras taip pat naudojamas sterilizuoti ir pašalinti dumblius. Aušinimo vandens cirkuliacijos procese dėl dalies vandens išgaravimo vandenyje koncentruojasi maistinės medžiagos, o bakterijos ir kiti mikroorganizmai dauginsis dideliais kiekiais ir lengvai susidarys dumblų nešvarumus. Per daug nešvarumų sukels vamzdžių užsikimšimą ir koroziją.
Chlorinimas paprastai apima chloro įpurškimą į vandenį, kad būtų sunaikintos bakterijos ir kiti mikroorganizmai, dažniausiai chloro buteliuose.
Siekiant išlaikyti baktericidinį poveikį, likutinis chloras visada turi būti {{0}},5 ~ 1mg/L išleidžiamame vandenyje, o vandens tiekimo tinklo gale - 0 0,05 ~ 0,1 mg/l.